O licenciamento ambiental deve ser efetuado em um único nível de competência, repartindo-se harmonicamente as atribuições entre o IBAMA, em nível federal, os órgãos ambientais estaduais e os órgãos ambientais municipais.

Em linhas gerais, ao IBAMA compete o licenciamento de empreendimentos e atividades com impacto ambiental de âmbito nacional ou que afete diretamente o território de dois ou mais Estados federados, considerados os exames técnicos procedidos pelos órgãos ambientais dos Estados e Municípios em que se localizar o empreendimento.

Compete aos órgãos ambientais estaduais ou do Distrito Federal o licenciamento ambiental dos empreendimentos e atividades cujos impactos diretos ultrapassem os limites territoriais de um ou mais Municípios ou que estejam localizados em mais de um Município, em unidades de conservação de domínio estadual ou em florestas e demais formas de vegetação natural de preservação permanente. Além disso, pode haver delegação do IBAMA para os Estados, por instrumento legal ou convênio.

Aos órgãos ambientais municipais compete o licenciamento de empreendimentos e atividades de impacto local e dos que lhes forem delegados pelos Estados através de instrumento legal ou convênio.